در ادامه فاز دوم ساماندهی موزه طراحی و شبیه سازی ژئوسایت غار نمکدان بود که این مهم با الگو برداری از سازند ساختاری موجود در مجموعه نمکدان و گنبد نمکی، اشکال و قندیل های نمکی با هدف آگاه سازی و شناخت اولیه از این ژئوسایت با ویژگی های زمین شناختی و ژئومورفولوژیکی بالا در داخل فضای موزه به اجرا درآمده است که علاوه بر این لزوم حفاظت و رعایت نکات ایمنی حین بازدید از این پدیده طبیعی زیبا به علاقه مندان یادآوری می شود